Την απόφασή της να διατηρήσει ανοικτούς τους ναούς και να λειτουργήσουν τα Θεοφάνεια σύμφωνα με όσα είχαν συμφωνηθεί προ των εορτών και είχαν περιληφθεί σε ΚΥΑ έκανε γνωστή μετά την έκτακτη συνεδρίασή της η Ιερά Σύνοδος της Εκκλησίας της Ελλάδας. Έτσι, επιμένει ότι παρά τα νέα κυβερνητικά μέτρα οι ναοί θα λειτουργήσουν με 50 άτομα οι μητροπολιτικοί, με 25 οι μεγάλοι και με τους περιορισμούς του 1 ετόμου ανά 15 τετραγωνικά, οι υπόλοιποι και πάντα με τους περιορισμούς που είχαν αρχικά ανακοινωθεί.
Σύμφωνα με πληροφορίες του protothema.gr η αντίδραση της Εκκλησίας ήταν αποτέλεσμα του «αιφνιδιασμού», όπως σημειώνουν εκκλησιαστικές πηγές, από τις κυβερνητικές ανακοινώσεις το περασμένο Σάββατο, των οποίων δεν είχε προηγηθεί καμία επικοινωνία με τον Αρχιεπίσκοπο, που έως τώρα, όπως σημειώνουν είχε σταθεί στο πλευρό της Πολιτείας, παρά τις εσωτερικές αντιδράσεις. Ωστόσο, η ξαφνική απόφαση να μείνουν κλειστοί οι ναοί σε μια τόσο μεγάλη γιορτή για την Ορθόδοξη πίστη, όπως είναι τα Θεοφάνεια και μάλιστα χωρίς καμία προειδοποίηση θα ήταν δύσκολα διαχειρίσιμη, τόσο εντός της Συνόδου, όσο και για το κοινό της Εκκλησίας. Οι ίδιες πηγές σημείωναν ότι έως τώρα τουλάχιστον δεν έχει υπάρξει αντίδραση από την πλευρά της κυβέρνησης στην ανακοίνωσή της και τόνιζαν ότι η Εκκλησία δεν πρόκειται να κάνει πίσω στα όσα ανακοίνωσε και θα τηρήσει κατά γράμμα τα συμφωνηθέντα, όπως αυτά είχαν περιγραφεί στην Κοινή Υπουργική Απόφαση της 15ης Δεκεμβρίου. Πάντως, σύμφωνα με πληροφορίες του protothema.gr η κυβέρνηση αναμένεται να απαντήσει στην Εκκλησία εντός των επόμενων ωρών.
Ειδικότερα, η Σύνοδος μετά την έκτακτη συνεδρίασή της εξέδωσε την εξής ανακοίνωση:
Συνήλθε εκτάκτως σήμερα, Δευτέρα 4 Ιανουαρίου 2021, η Διαρκής Ιερά Σύνοδος της Εκκλησίας της Ελλάδος της 164ης Συνοδικής Περιόδου, υπό την Προεδρία του Μακαριωτάτου Αρχιεπισκόπου Αθηνών και πάσης Ελλάδος κ. Ιερωνύμου.
Κατά την σημερινή Συνεδρία η Διαρκής Ιερά Σύνοδος, αφού επικύρωσε τα Πρακτικά της Εξουσιοδοτήσεως, εξέτασε τα δεδομένα που δημιουργήθηκαν ως προς την λειτουργία των Ιερών Ναών και την παρουσία των πιστών κατά τήν Εορτή των Θεοφανείων μετά τις αιφνιδιαστικές Κυβερνητικές ανακοινώσεις της Παρασκευής 2.1.2021, περί προληπτικής αυστηροποιήσεως των μέτρων εν όψει του ανοίγματος των σχολικών μονάδων.
Η Διαρκής Ιερά Σύνοδος κατόπιν διαλογικής συζητήσεως, αποφάσισε ομοφώνως τά εξής:
1. Δεν συναινεί στα νέα Κυβερνητικά μέτρα ως προς τη λειτουργία των Ιερών Ναών, εμμένει σε όσα συμφωνήθηκαν αρχικώς με την Πολιτεία και εντέλλεται οι Ιεροί Ναοί να παραμείνουν ανοικτοί για την συμμετοχή των πιστών στη Θεία Λειτουργία και τον Αγιασμό των υδάτων εντός των Ιερών Ναών της Εορτής των Θεοφανείων όπως άλλωστε είχε συμφωνηθεί και αποτυπωθεί στην Κ.Υ.Α. υπ’ αριθμ. Δ1α/ΓΠ.οικ. 80588/15.12.2020 (ΦΕΚ Β΄ 5509). Ζητεί από την Πολιτεία να γίνει απολύτως σεβαστή η ανωτέρω Κ.Υ.Α. χωρίς περαιτέρω προβλήματα, λαμβανομένου υπ’ όψιν του γεγονότος ότι κατά την εορτή των Χριστουγέννων και της Πρωτοχρονιάς και τις λοιπές ημέρες του Αγίου Δωδεκαήμερου στους χιλιάδες Ενοριακούς Ιερούς Ναούς της Εκκλησίας της Ελλάδος με μέριμνα των κατά τόπους Σεβασμιωτάτων Μητροπολιτών και των ευλαβών κληρικών τηρήθηκαν όλα τα προβλεφθέντα υγειονομικά μέτρα για τον περιορισμό της διασποράς του κορονοϊού.
2. Αποστέλλει επιστολή διαμαρτυρίας προς την Ελληνική Κυβέρνηση θεωρώντας τον διάλογο ως το μοναδικό μέσο επιλύσεως των ζητημάτων που αφορούν τις σχέσεις της Πολιτείας με τις θρησκευτικές κοινότητες που υφίστανται στο Ελληνικό Κράτος.
3. Κάνει έκκληση τόσο προς την ηγεσία της Ευρωπαϊκής Ενώσεως όσο και προς την Ελληνική Κυβέρνηση να προβούν στις απαραίτητες ενέργειες ούτως ώστε να εξασφαλιστεί άμεσα ο ικανός αριθμός εγκεκριμένων εμβολίων για τους πολίτες. Κανείς δεν έχει το δικαίωμα να υπηρετεί αλλότριους σκοπούς απέναντι σε ένα τόσο σημαντικό θέμα όπως η υπέρβαση της πανδημίας, διότι το δικαίωμα στην υγεία ανήκει σε όλους.
4. Ανανεώνει προγενέστερη Απόφαση Αυτής ώστε κατά την παρούσα χρονική περίοδο την θέση της Ιεράς Συνόδου προς τα Μ.Μ.Ε., να εκφράζει μόνο ο εκπρόσωπος Τύπου Αυτής, Σεβασμιώτατος Μητροπολίτης Ιλίου, Αχαρνών και Πετρουπόλεως κ. Αθηναγόρας.